Cooper groeide op als zoon van een rijke zakenman, in Pasadena, Californië. Al in zijn vroege tienerjaren maakten geweld en seks onderdeel uit van zijn leven. Op zijn elfde sloeg een jongen op wie Cooper verliefd was een bijl in zijn schedel. Een jaar later vertrok hij in zijn eentje naar een plek in de bergen waar drie jongens verkracht en vermoord waren. Deze plek wekte gevoelens van angst maar tegelijkertijd ook van seksuele lust in hem op.
 
Hij begon op zijn veertiende gedichten te schrijven. Deze gedichten, geïnspireerd door Rimbaud, Verlaine, De Sade, en Baudelaire, handelden over extreem gewelddadige of provocerende onderwerpen. Als tiener was Cooper een "outsider", behorend tot een groep punkers. Jaren later richtte hij het blad Little Caesar Magazine op, dat onder andere een editie wijdde aan Arthur Rimbaud.
Op de middelbare school ontmoette Cooper George Miles, een jongen uit zijn klas met grote psychische problemen. Cooper nam de jongen onder zijn vleugels. Meer dan een decennium later ontstond een kortstondige liefdesaffaire tussen hen. Coopers boeken vijfluik (Closer 1989, Frisk 1991, Try 1994, Guide 1997 and Period 1999) dat volgde, was een zelfonderzoek naar de fascinatie voor seks en geweld en Coopers liefde voor Miles.
 
George in Closer heeft zijn kamer vol Disneyspullen en wordt het speeltje van twee veertigers die geobsedeerd zijn door de schoonheid van het lijden. In Frisk krijgt Julian brieven van een ex-vriend: verslagen of fantasieën over seks en geweld. De beschrijving van lustmoorden op jonge knapen is een brei van bloed en slibberende ingewanden, te onsmakelijk om te citeren. De brieven worden vanuit een Hollandse molen gestuurd, een ideale afgelegen plek voor het onderzoeken van de rauwe werkelijkheid van seks, geweld en dood.
 
In 1979 werd Cooper directeur van een alternatief poëzie podium, Beyond Baroque, in Venice, California. Ook cureerde hij tentoonstellingen, met onder meer werk van Sherrie Levine and Bob Flanagan, Peter Schjeldahl, Kenward Elmslie, Gerard Malanga, and Jack Skelley. In 1984 verhuisde hij naar New York waar hij een Nederlander ontmoette met wie hij snel daarna verhuisde naar Amsterdam. Daar voltooide hij Closer, waarvoor hij de Ferro-Grumley prijs voor homo-literatuur voor ontving.
 
Na zijn terugkeer naar de Verenigde Staten schreef hij artikelen voor verscheidene Amerikaanse tijdschriften als The Village Voice en Artforum. Sinds zijn terugkeer naar Los Angeles werkte hij met talloze kunstenaars, waaronder componist John Zorn, de schilder Lari Pittman, beeldhouwers Jason Meadows and Nayland Blake. In 2002 voltooide hij zijn laatste roman, My loose thread, over het drama van Columbine High.