Het eerste probleem dat rees, was het fundament van de twee torens. De gereserveerde grond lag op aangeplempt land, aan de oever van de Hudson River. Elk gat dat je daar graaft, loopt dan ook onmiddellijk vol met water. Daarom werd in een aantal stappen een immense 'badkuip' in de grond aangelegd, met waterdichte wanden van beton. Die kuip werd het fundament. De torens werden met andere woorden niet direct aan de grond verankerd, maar aan een door mensen gebouwde constructie - een nieuwigheidje in die dagen.
 
Een volgend probleem was de ruimte in de torens. De wolkenkrabbers die destijds bestonden, telden maximaal zeventig verdiepingen, iets meer dan de helft van wat de Twin Towers zouden moeten worden. Maar die konden onmogelijk worden opgetrokken als er gebouwd zou worden met de stalen steunpilaren die gebruikelijk waren in wolkenkrabbers: het aantal pilaren zou dan zo groot worden, dat er geen kantoorruimte overbleef.
 
Daarom werd besloten de dragende delen van de Twin Towers in twee gebieden te concentreren. In het hart van de torens verrees een met staal versterkte betonnen 'koker', waar zaken als de liften, de wc's en andere gemeenschappelijke voorzieningen in werden aangelegd. De gevel was het tweede dragende deel, goeddeels opgetrokken uit stalen balken. Beide delen waren zo stijf, dat ze alleen nog maar verbonden hoefden te worden via zeer lichte vloerdelen, die aan de onderkant zig-zag geweven staalkabels bevatten. Het bleek niet nodig om nog veel extra steunpilaren tussen de vloeren aan te leggen. Het gevolg was dat er een zee aan kantoorruimte overbleef.
 
Een derde probleem vormde de liften. Iemand die op de 110e en bovenste verdieping moet zijn, wil niet op alle tussengelegen etages stoppen omdat iemand anders daar uit wil stappen. Het was al vlug duidelijk dat er snelle liften moesten komen die weinig stopten, naast liften die bijvoorbeeld elke 30e, of 20e, of tiende etage aandeden. Maar hoe is dat mogelijk zonder voor elk type lift een eigen schacht aan te leggen, die dan samen alle kantoorruimte zouden opslokken?
 
Voor de oplossing werd een systeem bedacht dat nu in bijna elke nieuwe wolkenkrabber wordt toegepast. Wat de liftaanleg betreft, bestonden de Twin Towers elk uit drie gebouwen, die bovenop elkaar waren gezet. Het onderste deel telde 44 verdiepingen, de tweede ging van 45 tot 88, het 'derde gebouw' van 89 tot 110. Moest je op bijvoorbeeld de 21e etage zijn, dan nam je de lift die daar stopte. Lag de bestemming echter op verdieping 63, dan stapte je op de grond in de 'express lift' die in één ruk naar de 44e etage ging. Daar stapte je dan over op een lift die nummer 63 aandeed. Een overstap was ook mogelijk op een lift die zonder stoppen naar het 'derde' gebouw steeg, op de 89e etage. Daar nam je dan de lift naar de hoogste verdiepingen.
 
Op die manier konden de express liften tussen de 45e en 88e verdieping bovenop de liften worden gebouwd die stopten op de etages tussen 0 en 44 (van elk type lift waren verschillende exemplaren nodig; de express liften konden slechts 55 mensen per keer vervoeren). Die opeenstapeling betekende een grote ruimtewinst, zodat de schachten allemaal in het hart van het gebouw konden worden aangelegd.
 
Wat de torens na de aanslag op 11 september fataal werd, is begin 2002 nog in onderzoek. Bij het ontwerp was rekening gehouden met de inslag van een groot verkeersvliegtuig, maar waarschijnlijk is onderschat hoe hoog de temperatuur kan oplopen bij een brand als het te pletter geslagen toestel tjokvol kerosine zit - op de verdiepingen die werden geraakt, werd het mogelijk heter dan 1000 graden Celsius. Dat werd óf het staalvlechtwerk in de vloerdelen, óf de stalen balken in de gevels te veel. Het resultaat was hoe dan ook dat de getroffen vloeren instortten, en in hun val de lager gelegen verdiepingen meesleurden. En dat was iets waar niemand rekening mee had gehouden.