Al-Sistani’s huidige macht schuilt in zijn fatwa’s. Hij riep in juni 2003 een fatwa uit toen de Amerikaanse bewindsman Paul Bremer het idee opperde om een Irakese grondwet op te laten stellen door Amerikaanse ‘afgevaardigden’. Volgens Al-Sistani zou alleen een gekozen orgaan de grondwet mogen opstellen. Toen in januari 2004 de Amerikaanse bewindsman voorstelde getrapte verkiezingen te houden, riep Al-Sistani opnieuw een fatwa uit. Hij eiste directe verkiezingen. In Najaf, Basra en Bagdad kreeg hij honderdduizenden op de been in een demonstratie voor directe verkiezingen. Zijn eisen werden ingewilligd, er zijn directe verkiezingen gehouden en het gekozen parlement stelt nu de nieuwe grondwet op.
De Amerikanen kunnen niet om de groot-atyatollah heen als ze de religieuze rust willen bewaren. Dat bleek in de heilige stad Najaf, waar gevechten uitbraken tussen Moqtada Al-Sadr en Amerikaanse en Irakese troepen. Al-Sistani kreeg in augustus 2003 tienduizenden Irakezen de straat op om zijn vredesplan kracht bij te zetten. Hij dwong Al-Sadr (zijn religieuze tegenstander) hem de sleutel van het heiligdom te geven, waarmee Al-Sadr hem als zijn meerdere erkende. Al-Sadr ging vrijuit en een bloedbad werd voorkomen.
Al-Sistani stuurt niet aan op een directe confrontatie met de Amerikanen. Na de val van Saddam Hoessein riep hij zijn volgelingen op de Amerikanen niet tegen te werken. Tegelijkertijd wil hij voorkomen dat er een vergelijkbare situatie ontstaat als in de jaren twintig van de vorige eeuw, toen de Britse bestuurders na verkiezingen veel macht behielden in Irak. Uiteindelijke leidde die situatie tot een sterke machtspositie van de soennitische minderheid. Al-Sistani schuwt niet de Amerikaanse autoriteit te ondermijnen wanneer ze in tegenspraak is met het democratiseringsproces. Hij weet dat door directe verkiezingen de invloed van de sjiieten (60% van de Irakese bevolking) zal groeien en hij verwacht dat er in het toekomstige parlement veel ruimte zal zijn voor de principes van de Islam.
Al-Sistani wordt een ‘’democratische’’ mullah genoemd. Zijn denkbeelden bieden ruimte aan principes van democratie, mensenrechten en de scheiding van kerk en staat.
Hoewel volgens Al-Sistani de wetten van een land niet in tegenspraak mogen zijn met de principes van de Islam, keert hij zich af van een theocratisch systeem zoals dat in het Iran na Khomeini bestaat. De Islam dient erkent te worden als de religie van de meerderheid. Het bepaalt de morele context van het land, maar mag geen politieke standpunten dicteren.
Sayyid Ali Husayni Sistani volgde in 1992 zijn geestelijk vader Abol-Qassem Khoi op. Hij nam van Khoi de leer van scheiding tussen kerk en staat over en riep daarmee veel weerstand op bij andere sjiitische geestelijken. Desondanks wordt hij in 1999 de moord op de invloedrijke Sadiq al-Sadr de oudste en de meest vooraanstaande sjiitische geestelijke in Irak.
In tegenstelling tot veel andere Sjiitische Mullahs is Al-Sistani in Irak gebeleven gedurende het regime van Saddam Hoessein. In 1994 werd zijn moskee gesloten, sindsdien verblijft hij in zijn huis in Najaf. Hij overleefde twee moordaanslagen. Behalve geluk dankt Al-Sistani zijn leven waarschijnlijk ook aan zijn voorzichtige manoeuvres en zijn apolitieke houding. Juist door die neutrale houding joeg hij de meer fanatieke sjiiten tegen zich in het harnas. Moqtada Al-Sadr (zoon van Sadiq al-sadr) probeerde hem na de val van Saddam Hoessein van zijn positie te stoten. Al-Sadr heeft geen hoge pet op van de liberale democratie en de westerse cultuur. Hij hangt de staatsvorm naar Iraans voorbeeld aan waarin het staatshoofd een vertegenwoordiger is van God op aarde.
Na de val van Saddam, de oorlog en de verkiezingen lijkt de positie van de democratische stroming aan invloed te winnen. Wellicht is Al-sistani de persoon om het ‘democratisch islamitisch systeem’ in Irak verder te ontwikkelen.