Vervolgens werkte hij bij verschillende academische en economische instellingen en is hij sinds 2004 Ronald A. Kurtz Professor of Entrepreneurship op MIT's Sloan School of Management.
Johnson staat vooral bekend om zijn expertise op het gebied van economische crises. Daarbij richt hij zich met name op de manier waarop beleidsmakers met risico’s in de financiële sector kunnen omgaan en hoe zij het best de gevolgen van een crisis kunnen opvangen. Van maart 2007 tot augustus 2008 werkte hij bij het IMF als directeur economisch onderzoek en hij kwam in deze tijd met veel initiatieven om de wereldwijde financiële crisis aan te pakken. Ook was hij de eerste IMF econoom met een eigen blog.
In 2009 werd Johnson verkozen tot public intellectual of the year door Prospect Magazine, vanwege zijn bijdrage aan het publieke debat rondom de economische crisis en zijn kritiek op de oppermachtige banken.
Johnson is medeauteur van 13 Bankers: The Wall Street Takeover and the Next Financial Meltdown dat in maart 2010 werd gepubliceerd en onmiddellijk een bestseller werd. In dit boek beschrijft hij hoe Wall Street langzamerhand de Amerikaanse politiek is gaan domineren en het gevaar dat deze geconcentreerde economische macht vormt voor de samenleving.