Doubt is het verhaal van de strijd tussen zuster Aloysius Beauvier (Meryl Streep) en priester Flynn (Philip Seymour Hoffman.) Beauvier is ervan overtuigd dat de populaire Flynn zich schuldig maakt aan ontucht met een van zijn leerlingen. Zuster Beauvier heeft Flynn al eerder op de hoogte gesteld van haar verdenkingen. Flynn komt daarop naar het kantoor van Beauvier om te vragen waarom zij zo overtuigd is van zijn schuld. Er volgt een confrontatie.