De coronatikker van Argos op NPO Radio 1

Het doel van de tikker is het breed informeren van de lezer en luisteraar van Radio 1 over de ontwikkeling van het coronavirus en daarbij wat context en duiding te geven, zeker nu het RIVM geen dagelijkse updates meer publiceert.

De tikker is een zogeheten script (code) dat automatisch de coronacijfers van Nederland verzamelt en analyseert. Die cijfers komen uit verschillende bronnen, met name van het RIVM en Stichting Nationale Intensive Care Evaluatie (NICE). Het script zelf is geschreven door onderzoeker Marino van Zelst (@Mzelst), web-engineer Edwin Veldhuizen (@edwinveldhuizen) en door mij (@reinier_tromp).

De code is voor iedereen toegankelijk op Github. Van Zelst en Veldhuizen zijn niet betrokken bij de dagelijkse update op Radio 1. De cijfers die dagelijks op de website van Radio1 worden gespresenteerd vallen onder mijn redactionele verantwoordelijkheid. Zie je rekenfoutjes in de tikker? Stuur mij dan een mailtje op r.tromp@vpro.nl

Elke dag run ik het script dat geschreven is in de programmeertaal R. Daarmee wordt eerst de data wordt opgehaald, op basis waarvan onder andere de aantallen dagelijkse besmettingen, ziekenhuisopnames, IC-opnames en overledenen worden berekend. Deze gegevens worden toegevoegd aan een dataset waarop meerdere analyses kunnen worden gedraaid. Daarna tekent de code verschillende grafieken, waarvan ik er een aantal in de dagelijkse update opneem. Die update wordt automatisch gegenereerd in RMarkdown, dat een HTML-pagina exporteert. Die HTML-code is de basis voor het artikel op nporadio1.nl.

De cijfers kunnen licht afwijken van het officiële dashboard van de Rijksoverheid. Zo kan het voorkomen dat de dagelijkse toename van het aantal besmetting in de coronatikker anders is dan in het coronadashboard, terwijl de onderliggende gegevens hetzelfde zijn. Dat komt omdat de analyse een andere methode gebruikt.  Omdat het soms dagen duurt voordat een besmetting, ziekenhuisopname of overlijden bij het RIVM wordt geregistreerd, en er bij die registratie ook fouten worden gemaakt, vinden vaak achteraf correcties plaats op de data. Zo'n correctie gebeurt ook bij gegevens van weken of maanden geleden.

Het probleem is dat die correcties worden afgetrokken van het aantal positieve tests per dag. Voor de administratieve afhandeling van het RIVM is dit misschien te begrijpen (de cijfers moeten wel kloppen), maar voor het doel van de coronatikker is dit vervelend. Wat we immers willen weten is hoeveel de cijfers nu toenemen. Niet of ergens in de dataset een correctie is aangebracht. Om de dagelijkse toename van vandaag te laten bepalen door een correctie op gegevens van twee maanden geleden is een merkwaardige keuze. Daarom worden deze correcties elke dag door de code opgespoord. Het script past vervolgens wel de de totale aantallen aan, maar niet de dagelijkse toename.

Een ander verschil van de coronatikker met het dashboard is het weergeven van gegevens die op dat moment relevant zijn. Het dashboard neemt bijvoorbeeld 3-daagse gemiddelden en deelt die vaak door 100.000. Dit maakt de cijfers lastig lezen. Het aantal nieuwe besmettingen is dan bijvoorbeeld 3,6 per 100.000 inwoners en het aantal IC-opnames 1,7 gemiddeld over 3 dagen.

Ook voor deze methode valt wat te zeggen – het ene is niet beter dan het andere - maar het maakt de dagelijkse ontwikkelingen moeilijker te begrijpen voor een breed publiek. Daarom geeft de tikker de absolute aantallen in cijfers weer en worden de relatieve aantallen - de ontwikkeling over een bepaalde periode bijvoorbeeld - getoond in de vorm van grafieken.

De tikker is nog volop in ontwikkeling. De code is voor iedereen in te zien en toe te passen. Marino van Zelst, Edwin Veldhuizen en ik hebben een zogeheten collaborative repository gemaakt, die dagelijks wordt bijgewerkt. Neem vooral zelf een kijkje, fork het project en ga er zelf mee aan de gang! Als je vragen of verbeterpunten hebt kun je mij een mailtje sturen: r.tromp@vpro.nl.