Tijdens de oorlog werd het hotel ingenomen door de Duitsers. De familie Schiller mocht in het aparte deel wonen boven de Schiller Bar. De doorgang tussen het hotel en de bar werd afgesloten en het hotelmeubilair werd uit het hotel gehaald en in de Amstel Brouwerij opgeslagen.

In de kamers kwamen leden van de Wehrmacht te wonen. De logieskosten werden wel door de Duitsers vergoed. Zo had het hotel een volledige bezetting, terwijl er in de crisisjaren voor de oorlog vaak slechts enkele gasten logeerden in het hotel. Zo waren er vaak maar zes gasten per nacht.

Na de oorlog sliepen de Canadezen en mensen van de Binnenlandse Strijdkrachten nog enige tijd in Hotel Schiller. Hierna is het achtergelaten hotel niet veel meer dan een uitgewoonde kazerne.