In een tijd waarin feit en fictie in beeld nog strikt gescheiden zijn, overschrijdt Verhoeff als één der eersten in 1972 die grens in de film Rudy Schokker huilt niet meer, op basis van een scenario van Gerben Hellinga. Wat nu als volstrekt absurdistisch, of zelfs als 'fake' gezien zou worden (de kleine Rudy huilt zo hard met het geluid van een vliegtuig dat het gezin besluit om pal naast Schiphol te gaan wonen), zorgde destijds voor talloze reacties die varieerden van uiterst kwaad tot zeer meelevend, maar vrijwel allemaal volstrekt gelovend dat we met een waarheidsgetrouw verhaal te maken hadden. 'We gingen de werkelijkheid te lijf met een poëtisch raster en deden haar geweld aan, op zoek naar de waarheid,' zo keek Verhoeff in 2002 terug op deze voor hem vormende filmjaren. In 2008 zouden Verhoeff en Hellinga een vervolg maken onder de titel 'Rudy Schokker revisited'. Geen mens die zich toen nog afvroeg wat feit of fictie was.
Vanzelfsprekend werkt Verhoeff ook vanaf het begin mee aan het in 1971 door Hans Keller naar Amerikaans voorbeeld bedachte programma Het Gat van Nederland. Het format paste naadloos bij Verhoeff: met een satirische blik werden feit en fictie als vanzelfsprekend door elkaar gehusseld en was geen genre bij voorbaat uitgesloten. Mediajournalisten waren dolenthousiast over Het Gat, maar de kijkers hadden er, zoals in die tijd wel vaker bij vernieuwende VPRO-programma’s, wat meer moeite mee.
In tal van documentaires bleef Verhoeff zichzelf vernieuwen. Zo maakte hij in 1977 (titel: Euro-safe – de Bewakers) een gedramatiseerde documentaire over gevangenisbewakers waarin onder andere de vraag centraal stond of 'gastarbeiders, treinkapers en Surinamers' de gevoelens van veiligheid bij de burgers beïnvloeden. Verhoeff speelt ook zelf een rol als bewaker. In 1979 maakt hij met Germaine Groenier de documentaireserie Modern Leven, waarin een echtpaar met huwelijksproblemen centraal staat.
Met Het teken van het beest debuteert Verhoeff in 1980 als filmmaker. Zoals hij vaak zal blijven doen grijpt hij daarbij terug op verhalen uit de Friese geschiedenis. Het eerste grote succes boekt hij in 1984, als hij geheel los van de VPRO een groot succes boekt met De Dream, het inmiddels klassieke verhaal van de strijd van de in 1897 ten onrechte voor moord veroordeelde broers Hogerhuis. Met grote regelmaat blijft Verhoeff speelfilms produceren, waarbij het succes wisselend is. Zijn grootste succes boekt hij in 2001 met Nynke, het levensverhaal van kinderboekenschrijfster Nienke van Hichtum, tevens echtgenote van de toenmalige socialistische voorman Pieter Jelles Troelstra.
Ondanks zijn succes als zelfstandig cineast kan Verhoeff de VPRO niet missen, en de VPRO kan niet zonder hem. In 1988 wordt het contact hersteld als Verhoeff als gast mag optreden in het eerste seizoen van Zomergasten met Peter van Ingen als interviewer. Verhoeff geeft daarin met tal van fragmenten, die destijds zonder problemen een kwartier mochten duren, een mooie analyse van de opkomst van de VPRO in de jaren dat hij er zelf werkte.
In 1990 is er weer een toevallige ontmoeting met de VPRO. Op een bijeenkomst in zijn ouderlijk huis in Lemmer filosofeert hij met onder andere Michiel Romeyn over satire op tv. Het is een actueel thema, want de vraag dringt zich op wie het gat dat Kees van Kooten en Wim de Bie achterlaten, kunnen vullen. Wie durft dat aan? En hoe anders moet het worden? Als Verhoeffs moeder toevallig het woord 'Jiskefet' laat vallen (Fries voor vuilnisbak) springt Romeyn op en roept dat dát de titel moet worden. En zo geschiedt. Met Pieter Verhoeff als regisseur (voor het eerste jaar) bouwen Kees Prins, Herman Koch en Michiel Romeyn het programma vanaf 1990 uit tot een cultprogramma in klassieke VPRO-stijl.
Het hernieuwde contact met de VPRO leidt tot een nieuwe reeks documentaires. Daaronder een wonderlijke documentaire over de zeventiende-eeuwse geleerde en Jezuïet Athanasius Kircher (1602-1680), die o.a. het hiërogliefenschrift ontcijferde. Ook zijn film De Vuurtoren (1994), waarin Verhoeff teruggaat naar zijn jeugd in Lemmer, wordt in drie delen bij de VPRO uitgezonden.
Pieter Verhoeff was dus veel meer dan de maker van De Dream en van Nynke. Weinig film- en tv-makers bespeelden een zo breed spectrum als de immer aimabele Fries. De inspiratie voor zijn eigenzinnige kijk deed hij op bij de VPRO in de jaren 70 en 80, waar alles kon en mocht. Die creatieve voedingsbodem maakte Verhoeff tot één van de meest veelzijdige en vernieuwende filmers uit de VPRO-school.