Hij werd vooral bekend met zijn essay 'The end of History?' (1989) en zijn daarop volgende boek 'The End of History and the Last Man' (1992). Hierin beschrijft hij hoe de wereldpolitiek zich na de Koude Oorlog zal ontwikkelen. Hij concludeert dat de liberale democratie de enige politieke vorm is die alle regio's en culturen van de wereld met elkaar kan verbinden en daarom als de ideale staatsvorm beschouwd moet worden. De liberale democratie is volgens Fukuyama daarom een eindpunt in het ontwikkelingsproces van een staat: 'The End of History'.
Uitzonderingen hierop zijn landen die vast zitten in hun ontwikkelingsproces. Hier haalt hij Islamitische landen aan. Toch wordt de Islam door Fukuyama niet als een bedreiging voor het Westen gezien, zoals het communisme tijdens de Koude Oorlog, maar slechts als een uitdaging. De Islam heeft geen aantrekkingkracht op landen die niet overwegend Islamitisch zijn, meent Fukuyama, en zijn daarom geen obstakel voor de democratiseringsprocessen van deze landen. Ook na 9/11 bleef Fukuyama mild en zag de Islamitische terreur als een radicale ideologische vorm die niet op de ware aard van de Islam gebaseerd was.
In het eerste decennium van de 21e eeuw zijn liberale democratieën in aantal toegenomen, zoals Fukuyama had voorspeld, maar dat de islam het dominante thema van de afgelopen tien jaar zou zijn, heeft hij niet kunnen voorzien.
Dit jaar heeft Fukuyama een nieuw boek uitgebracht 'The Origins of Political Order' (2011). Dit boek gaat over hoe staten zich vormen. Om orde te scheppen in de maatschappij moeten de natuurlijke neigingen van de mens onder controle worden gehouden. De moderne staat is het ideaal en de laatste stap in de evolutie van de ontwikkeling van een staat. Fukuyama noemt drie essentiële eigenschappen waarover een moderne staat moet beschikken: aanwezigheid van een sterke capabele staat, een staat die onderworpen is aan een rechtsstaat en tenslotte een staat waarin de overheid verantwoording af moet leggen aan haar burgers.