Minister Plasterk van Cultuur wil een raad van toezicht installeren, in plaats van een bestuur. Ook moet er een tweehoofdige Raad van Bestuur komen en een apart sectorinstituut. Onlangs zijn twee nieuwe subsidieregelingen ingevoerd . Het bestuur vond dat deze samenloop grote risico's met zich mee brengt.
Dijkstal adviseerde het huidige bestuursmodel te behouden. Daarbij zou het bestuur moeten aanblijven. Inmiddels heeft minister Plasterk een interim-bestuur aangesteld, bestaande uit Hans van Beers (directeur Conservatorium van Amsterdam), Inge van Vlies (lid Raad voor Cultuur) en Kees Telkamp (oud- bestuurslid van voormalig film-CV-investeerder Fine). Tot de aanstelling van de raad van toezicht op 1 januari 2008 zetten zij de bestuurlijke kernactiviteiten van het Fonds voort.
In het veld bestaat sinds lange tijd kritiek op het Fonds. Producent San Fu Maltha, voorzitter van de producentenvereniging NVS: 'In de combinatie directie-bestuur moest iets veranderen. Op beide niveaus was te weinig expertise.' Dijkstal en Fonds-directeur Toine Berbers waren niet bereikbaar voor commentaar.