Eerst was er kritiek van de oudste zoon van Claus Schenk graaf von Stauffenberg, het personage van Cruise (in de film speelt Carice van Houten de vrouw van von Stauffenberg). Verbolgen reageerde hij tegenover de Süddeutsche Zeitung: 'Laat hem bergen gaan beklimmen of gaan surfen, maar van mijn vader moet hij afblijven.' Von Stauffenberg jr gelooft niet dat Cruise als Scientology -lid zijn vader eervol zal vertolken en vreest voor 'vreselijke kitsch'.

Politici gaan nog een stapje verder door Scientology niet als kerk te erkennen . 'Een klap in het gezicht van alle oprechte democraten, alle verzetsstrijders en alle slachtoffers van de Scientology-sekte,' noemt Klaus-Uwe Benneter, lid van de Berlijnse gemeenteraad, de deelname van Cruise aan de film. Minister van Defensie Franz-Josef Jung, gezeteld in het gebouw waar von Stauffenberg de aanslag van 20 juli 1944 beraamde, heeft producenten inmiddels verboden om op zijn ministerie te filmen.

Ondanks alle ophef ligt er nog geen aanvraag om op authentieke locaties te filmen. Wel komt het verhaal volgens Cruise' zakenpartner Paula Wagner 'alleen in Duitsland helemaal tot zijn recht'. Er wordt overwogen om minder op buitenlocaties en meer in de studio's te draaien.

Vorig jaar kwam Cruise' lidmaatschap van de Scientology-kerk ook in opspraak, toen zijn toenmalige werkgever Paramount hem aan de kant zette wegens ' publiekelijk ongepast gedrag'. In november 2006 reanimeerde Cruise samen met Wagner de productietak van United Artists, onder de vlag van MGM. Valkyrie is een van de eerste films die het nieuwe productiebedrijf uitbrengt.

De eerste opnamen van Valkyrie staan voorlopig gepland op 19 juli. De film moet in 2008 in de bioscopen verschijnen.