Via anarchistische en socialistische stromingen in Frankrijk en Duitsland belandt Daniel in 1984 in Die Grünen, de Duitse milieu-partij. Cohn-Bendit schaart zich in de partij achter de “Realo”-vleugel, en laat fundamentele groene kwesties als pacifisme en een strikt milieubeleid varen voor een meer progressief beleid. Zo steunt hij een militaire interventie in Bosnië. Deze standpunten worden hem door de overwegend pacifistische partijtop niet in dank afgenomen. Naar eigen zeggen om die reden, belandt hij pas op nummer 8 op de kieslijst voor de Europese parlementsverkiezingen in 1994. Toch vergaart hij genoeg stemmen. In het Europees parlement wordt Cohn-Bendit in 1999 co-president van de Groene Coalitie. Daar is hij een felle pleitbezorger van solidair en unificerend beleid en betrokken bij de formulering van de Europese Grondwet.